Razones por las que los invasores la eligieron su capital: los suevos en el año 438 y los visigodos en el 456 (alternándola con Toledo). En el 713, año y medio después de desembarcar en la Península, el general Muza — gobernador del norte de África— atacó la ciudad con un ejército de 17.000 bereberes y sirios.
Esta vez los líderes rebeldes se dedicaron a las guerrillas: Mahmud desde la Sierra de Monsalud, en tanto que Suleimán Martín se encerró en el castillo de la Sierra de Santa Cruz, considerado inexpugnable; esto no desanimó a las tropas califales, dispuesta a todo para acabar con los rebeldes. Cuando Martín trató de huir, se despeñó con su caballo; mientras que Mahmud optó por buscar la protección del rey de Asturias, que le encargó la defensa del castillo fronterizo de Santa Cristina. Sin los dos líderes guerrilleros los emeritenses se rendirían incondicionalmente al califa cordobés que, para controlarlos, decide edificar una nueva alcazaba que finalizó en 835. En el año 840 Mahmud se había convertido en un salteador de caminos que operaba en territorio asturiano y califal; buscando apoyo, escribió pidiendo ayuda al califa, que le envió un ejército para hacerse cargo de su castillo. Pero el rey de Asturias se le adelantó, atacando a Mahmud y matándolo. Las tropas califales debieron de retirarse.
La bien guarnecida alcazaba tampoco fue suficiente para mantener la paz en la Mérida islámica, pues en el 868 estalló otra importante sublevación. Las luchas continuaron hasta el año 875, cuando los muladíes y mozárabes comandados por Ibn Marwan “el gallego” (hijo del antiguo gobernador de igual nombre) se instalaron en el inexpugnable castillo de la culebra, en Alange. Al no poder derrotarles el Emir de Córdoba pactó con ellos para que “el gallego” y sus seguidores refundaran la ciudad de Badajoz en las inmediaciones de lo que había sido ciudad visigoda arrasada por los árabes en el 713. La salida de ese grupo no fue suficiente para pacificar Mérida, pues poco después otro grupo de emeritenses marchó para establecerse en el norte. Por ello el gobernador de la ciudad debió de atraer población de Marruecos para repoblarla, aunque la Mérida islámica —a pesar de la ventaja de su estratégico puente— perdió para siempre la preeminencia que había tenido hasta entonces.
Texto de Ignacio Suarez-Zuloaga e ilustración de Ximena Maier