Más tarde, en 1524, se celebraron las célebres Juntas de Badajoz. La ocasión unió a insignes marinos para delimitar las esferas de influencia hispano-lusas. Entre los presentes se hallaban Hernando Colón, Juan Caboto o Juan Sebastián Elcano entre otros. Fue en éste siglo cuando se produjo un gran florecimiento cultural que ha dejado muchos elementos que ver en Badajoz hoy día. Esto se vio acompañado por la activa participación de muchos de sus habitantes en la conquista de América. Algunos de los más insignes fueron Pedro de Alvarado, Sebastián Garcilaso de la Vega.
En el año 1580, el rey Felipe II trasladó la Corte a Badajoz para seguir desde allí la gobernación de su reino de Portugal. Por ello, en esta ciudad falleció su esposa, la reina Ana de Austria. La unión con Portugal se vio alterada tiempo después por la insurrección del año 1640. A su vez, esta dio lugar a la Guerra de Restauración de Portugal, que provocó varios ataques a Badajoz capital. En 1653, los habitantes de Badajoz compraron, junto con Alcántara, Trujillo, Plasencia, Mérida y Cáceres, un voto en la Cortes.
El hecho les valió para defender sus intereses colectivamente. La independencia portuguesa motivó la renovación de las fortificaciones locales según el sistema Vauban. Estas imponentes obras de piedra, ladrillo y hormigón duran hasta hoy y son épicos elementos que ver en Badajoz. las defensas protegieron a la ciudad de los ataques portugueses durante la Guerra de Sucesión (1704-1714).
El 6 de junio de 1801 se firmó el Tratado de Paz de Badajoz. El documento ponía fin a la breve Guerra de las Naranjas. Con él se cedía a España la zona al oeste del Guadiana, que comprende Olivenza y su comarca. La disputa territorial generada aún perdura.
En mayo de 1808 algunos pacenses acusan al gobernador de la ciudad de ser “afrancesado”. Todo terminó con el dirigente asesinado poco después en plena calle. Badajoz se mantuvo en manos de los hispanos hasta el 16 de febrero de 1811. La muerte del general español al mando supuso la rendición de la urbe al Mariscal Soult. El 7 de abril de 1812, las tropas anglo-portuguesas del general Wellington volvieron a tomar el lugar. La dureza de la lucha enardeció a los atacantes, que una vez dentro saquearon la ciudad, asesinando a un centenar de pacenses.
En 1816 se funda la Real Sociedad Económica de los Amigos del País de Badajoz, que desde sus valores ilustrados y liberales promovió el desarrollo económico y cultural del territorio. Fue un siglo de grandes desarrollos urbanísticos en la ciudad.
En julio de 1936, tras el golpe de estado fascista del Frente Nacional, la ciudad de Badajoz se mantuvo leal a la República democrática. Sin embargo, el 14 de agosto, tres mil soldados del Ejército de África, entraron en escena. Comandados por el teniente coronel Yagüe, atacaron la Badajoz capital, que estaba defendida por unos seis mil milicianos. Una vez triunfaron, los prisioneros y simpatizantes de partidos de izquierda fueron concentrados en la plaza de toros. Allí se produjeron centenares de ejecuciones sumarias. Estos asesinatos se conocen como la “Masacre de Badajoz”. Las crónicas de los reporteros extranjeros reflejaron a nivel internacional el abominable hecho.