El momento más importante de la historia de Capdepera se debe a un ingenioso y sofisticado engaño. Para amedrentar a los musulmanes de Menorca, el rey Jaime I ordenó que se encendieran grandes hogueras en los promontorios de los alrededores. Esto produjo la impresión de que un gran ejército de invasión se concentraba allí.
Enviaron unos negociadores, y el 17 de junio de 1231 el gobernador musulmán de Menorca firmó en la “Torre de Miquel Nunis” el Tratado de Cap de Pera. Se sometían a cambio de poder permanecer en sus tierras.
En el año 1300 el rey Jaime II ordenó la construcción de doce pueblos para poder defender de los ataques corsarios a la población dispersa. Uno de ellos fue Cap de Pera. Las casas se edificaron alrededor del castillo, amurallándose el recinto durante el siglo XIV.
Durante la Guerra de Sucesión la población debió de considerarse hostil a los Borbones, pues en 1715 se estableció una guarnición militar en el castillo.
A partir de principios del siglo XIX la población vuelve a ocupar casas cerca de sus cultivos, dispersándose. En 1849 se edifica el edificio del Ayuntamiento, para acoger a la nueva corporación municipal segregada de Arta. También se construye una parroquia.
En 1856 se subasta el castillo. Lo compra por Josep Quint Zaforteza. Más tarde, en 1861 se edifica el faro.
En 1879 el mallorquín, de religión protestante, Bartomeu Alou, funda una iglesia y una escuela, comenzando a conseguir conversos. Esto motivó que el obispado instalara en el pueblo a una Congregación de los Ligorinos, creándose una competencia por la captación de almas.
En las numerosas calas de la zona una intensa actividad contrabandista, protagonizada desde comienzos del siglo XX por el célebre Juan March. Llegó a suponer una auténtica industria durante la Primera Guerra Mundial. La familia March tiene una residencia familiar en la vecina Cala Ratjada.
En los años cincuenta comenzó el desarrollo turístico de la zona, alrededor de Cala Ratjada. Ahora corresponde leer el apartado Que ver en Capdepera.