Para ganar perspectiva sobre la ciudad lo mejor es arrancar el recorrido por lo que ver en Baeza en su Alcázar. Este acogía la Iglesia de Santa María del Alcázar, así como un palacio donde residían las autoridades. Isabel La Católica ordenó su derribo por no ser ya necesaria militarmente y ser objetivo de las luchas entre Benavides y Carvajales. De esta forma, el cerro se fue abandonando poco a poco.
El principal edificio que ver en Baeza es la Catedral de la Natividad de Nuestra Señora. El templo se comenzó a edificar en 1147, en el espacio de la mezquita, aprovechando su alminar del siglo XI. La consturcción original se derrumbó en 1529, reedificándose en estilo gótico. Sin embargo, volvería a caer en 1567, manteniéndose solo la cabecera. El diseño definitivo se debe a los jesuitas, que usaron un estilo renacentista con influencias herrerianas. El conjunto posee tres naves y 19 capillas más la mayor. En el frente principal destaca el relieve de la Natividad. Por dentro sobresalen las capillas Dorada y de San José. También la espléndida reja de coro, el púlpito y su barroca custodia de plata.
Junto a la Catedral de la Natividad de Nuestra Señora está el Seminario de San Felipe Neri (1660). De austero aspecto, su principal decoración son los vítores pintados por estudiantes en su fachada (siglos XVII y XVIII). Destaca su portada monumental y la capilla, siendo una instalación universitaria.
Hay incontables iglesias que ver en Bazea. Por ejemplo, la Iglesia de la Santa Cruz (s. XIII) es un raro ejemplo de románico. Mientras tanto, la Iglesia Parroquial de San Andrés (s. XVI) fue concebida en estilo plateresco. Durante casi un siglo tuvo la categoría de colegiata. El lugar alberga un destacado conjunto de tablas del siglo XV y valiosas esculturas. Además, sobresalen la portada sur, su torre, el retablo del siglo XVII y el órgano.
Asimismo, la Iglesia de San Pablo (s. XV) es un templo de tres naves. Aunque empezó siendo gótico, tiene elementos renacentistas como su portada de acceso. Dentro se conserva una tabla del siglo XVI que representa la Epifanía. Al tiempo, merecen atención su órgano barroco y la imagen de Jesús Nazareno. Por último queda la visita a la Iglesia del Salvador (siglos XIII al XVI). Fue iniciada en estilo gótico y reformada en renacentista.
No faltan tampoco excelentes conventos que ver en Baeza. Para empezar está el de la Encarnación (S. XVII), con notorias pinturas y un gran retablo barroco. En Santa María Magdalena (s. XVI) se guarda el célebre Cristo de la Caída (s. XVII). Por su parte, la imponente ruina del Convento de San Francisco fue erigida en estilo renacentista en el siglo XVI.
También es visible aún la Iglesia de la Purísima Concepción (s. XVII), otrora capilla de un hospital desaparecido. Mientras tanto, los jesuitas construyeron un imponente complejo arquitectónico del que permanece la Capilla de San Ignacio (s. XVII). En cuanto al célebre Hospital de San Antón (s. XVI), es sede del archivo histórico y biblioteca.