La ciudad de Huelva tiene un remoto pasado que la convierte en una de las urbes más antiguas de toda España. Incluso ciertos hallazgos, destrozados por la falta de cuidado, llegaron a hacer que compitiera con Cádiz a este respecto. Los Tartessos poblaron la zona entre el 3.000 y el 2.500 a. de C. Por su parte, los fenicios la llamaron Onoba hacia el 1.000 a. C, siendo después sustituidos por griegos, púnicos y romanos.
La presencia de los árabes sería más duradera, que la denominarían Güelbah. En el año 713 fue tomada por el caudillo Muza. Lo que hoy es Huelva capital estuvo por mucho tiempo dividida en dos núcleos bien diferenciados. Por un lado, el de la urbe actual y por otro el de la Isla de Saltés, antes Xaltis. Ambos estaban fortificados. Tiempo más tarde, en Güelbah, los cristianos alzarían su castillo sobre la alcazaba musulmana.
En 1012, con la disolución del califato de Córdoba, el caudillo Abd-al Aziz al-Bakri funda el reino taifa en la entonces llamada Umba. Sin embargo, en 1052 fue conquistada por el célebre Al-Mutadid, rey de la Taifa de Sevilla. Como muchos otros lugares de la provincia, luego pasó a manos de los almorávides, a los que sustituirán los almohades. Por varios años sería parte de la Taifa de Niebla, hasta que esta fue doblegada por el caballero Íñigo de Mendoza en 1238. Éste debió de retirarse y no fue hasta 1262 cuando fue retenida definitivamente por el monarca castellano Alfonso X el Sabio.
Se repoblará con leoneses y gallegos. Por este motivo se llamó Banda Gallega a esta y otras fortalezas del castellano Reino de Sevilla que hacían frontera con Portugal. La tenencia de la plaza fuerte se encomendó a varios caballeros. Más tarde, en 1351 se confirmaron los derechos señoriales sobre la localidad al caballero Juan Alonso de la Cerda. En 1466 sería objeto de disputa entre las casas nobles de Medinaceli y Medina-Sidonia. Esta última finalmente conseguiría el dominio en 1509, a cambio de pagarle diez millones de maravedís a los Medinaceli.
Desde 1492, Huelva capital desempeñó un papel importante en el contexto del Descubrimiento de América. Muchos marineros implicados eran naturales de Huelva, como Juan Álvarez, «El Manquillo» o Esteban Rodríguez. El más destacado quizá sea Alfonso Pérez Nizardo, descubridor de la Isla de la Trinidad.
A finales del siglo XVI, y sobre todo en la centuria siguiente, la ciudad dejó de crecer y sufrió numerosos vaivenes. El resultado fue una reducción drástica de su peso demográfico e influjo. El empuje de otras localidades andaluzas como Cádiz o Sevilla relegó a Huelva a un lugar secundario. Además, la peste y los conflictos con Portugal diezmaron y afectaron a la población. En 1650 se desató una epidemia tal que murió la mitad de la población. Tantos fallecieron que Felipe IV, en 1658, declaró a la villa libre de las levas de hombres para el ejército y la Armada.
En 1755 se dejó sentir en la ciudad el durísimo terremoto de Lisboa. La mayor parte del caserío de Huelva desapareció. No obstante, en esa misma centuria despunta como ciudad portuaria y marítima. El hecho se debe al traslado de la Casa de Contratación a la cercana Cádiz. Durante la Guerra de Independencia, la ciudad de Huelva hizo frente a los franceses. Desde su puerto se socorrió a la asediada Cádiz, que estaba siendo asaltada por las tropas del duque de Aremberg. Este debió retirarse después de capturar uno de esos convoyes.
En el siglo XIX la localidad continuó desarrollándose gracias a la proximidad de explotaciones de cobre. Gracias a ello se convirtió en una ciudad industrial a la que acudió una gran influencia de ingleses, pues el capital inversor provino de aquel país. En 1833, Huelva se tornó capital provincial, separándose del Reino de Sevilla. Más tarde, hacia 1874, la explotación de las Minas de Río Tinto y otros yacimientos provocaron inversiones en ferrocarril. También la llegada de ingenieros y técnicos que contribuyeron a la prosperidad de la ciudad.