Por ello Antonio Pérez fue procesado, siendo condenado a dos años y medio de prisión y a una enorme multa.
La persecución judicial de sus enemigos continuó hasta 1590, cuando se presentan nuevas pruebas y es interrogado bajo tortura; entonces confesó también su participación en algunos hechos relacionados con el asesinato de Escobedo (que tuvo lugar en 1578). Esto incrementó las posibilidades de reingresar en prisión e incluso de ser condenado a muerte. Por ello Antonio Pérez huyó a Zaragoza, ciudad donde contaba con muy buenos amigos y donde consideraba que podría recibir el juicio justo que se le negaba en Madrid.
En Zaragoza, Pérez alegó que debía de ser juzgado en esa jurisdicción pues el linaje familiar le convertía en aragonés y tenía derecho a ser juzgado allí.
El 24 de septiembre de 1591 el virrey, acompañado por varios nobles y una fuerte guardia se dirigió a la prisión foral para realizar el traslado de Pérez; pero los exaltados liderados por Diego de Heredia entraron en acción, produciéndose unas luchas que se saldaron con unos 30 muertos. Durante las mismas los revoltosos asaltaron la prisión del Justicia y la liberaron a Antonio Pérez, que huyó de la ciudad. Al llegar Pérez a la frontera francesa se encontró con que no le dejaban salir; por ello regresó a Zaragoza. Allí consiguió convencer a la personaba que acababa de heredar el cargo de Justicia de Aragón –Juan de Lanuza, un joven de 26 años– que lo que el rey realmente buscaba era eliminar los fueros aragoneses.
El 15 de octubre el rey envió una carta a todas las localidades y nobles de Aragón explicándoles que iba a enviar el ejército para imponer sus órdenes. Con ello consiguió que las autoridades de la ciudad y los amotinados quedaran aislados. Entre tanto, las autoridades forales de Aragón —lideradas por el joven Lanuza y radicadas en Zaragoza— decidieron que la entrada del ejército era un contra fuero. La Diputación pidió ayuda militar a las localidades, así como al principado de Cataluña y al reino de Valencia; pero muy pocos milicianos de Aragón se presentaron. La Diputación encargó a los partidarios de Antonio Pérez reunir un improvisado ejército. Significativamente, los líderes se autodenominaron «los caballeros de la libertad». Conforme avanzaba el ejército del Rey, los nobles y autoridades locales no solo no se les opusieron si no que muchos se les unieron. Por ello, cuando los dos mil hombres que habían acudido a Utebo para cumplir el mandato de la Diputación vieron que se les acercaba el ejército del rey, se disolvieron. Antonio Pérez y los líderes fueristas consiguieron huir a Francia.
El 20 de diciembre de 1591 Lanuza y sus compañeros fueron llevados al cadalso de la Plaza del Mercado de Zaragoza. Al escuchar la proclame del pregonero en el que se les tildaba de traidores al rey, Lanuza exclamó: “traidor no, mal aconsejado sí”.
Solo uno de los principales caudillos fueristas permaneció en el exilio. Con ayuda francesa, el líder fuerista Diego de Heredia comandó la invasión de un grupo de los«caballeros de la libertad» exiliados; pero todos ellos resultaron capturados y ejecutados.
El antiguo Secretario Antonio Pérez —conocedor de tantos secretos— fue acogido por la Corte francesa. Trasladándose con posterioridad a la de Inglaterra. Durante esa estancia en el extranjero Pérez se ganó la vida publicando unos textos que resultaron fundamentales para formar la «Leyenda Negra» sobre España; también procuró información a los ingleses para que organizasen el ataque a Cádiz de 1596. Sus servicios no fueron recompensados lo suficiente. Solo y sin dinero, el ex Secretario Antonio Pérez murió en París en 1611.
Texto de Ignacio Suárez-Zuloaga e ilustración de Ximena Maier
