Edificado en el siglo XVII y preeminentemente barroco, el lugar sigue el diseño del arquitecto italiano Carlo Fontana. Se compone de una basílica en el centro flanqueada por dos alas rectangulares. Para su construcción se empleó piedra caliza del cercano monte Izarraitz. Hay tres partes que ver en el Santuario de Loyola: el cuerpo principal, la basílica y la casa natal de San Ignacio de Loiola.
El edificio principal se desarrolla a ambos lados de la basílica. Oculta en su interior pervive la torre donde nació el santo. Sus muros arrojan reflejos dorados cuando la luz de la puesta de sol incide en ellos. De este hito que ver en el Santuario de Loyola destacan sus dos escaleras imperiales, adornadas con estatuas de pontífices y santos. También es notable la fuente octogonal que se halla en el ante-refectorio.
Sin embargo, lo más impactante que ver en el Santuario de Loyola es su basílica. De planta circular, está dominada por una gran cúpula que se asienta sobre un pórtico churrigueresco de tres vanos. La cúpula es su elemento más llamativo. Se trata de una estructura doble, interna y externa. La primera es de piedra arenisca, más fácil de trabajar, mientras que la segunda es de caliza.
Por su parte, el interior se haya ricamente ornamentado con grandiosos escudos de los reyes. Llama la atención el retablo mayor churrigueresco, con la estatua en plata de San Ignacio de Loyola que realizó en Roma Francisco de Vergara en 1741. Además de los jardines públicos, tras la basílica están los jardines del Santuario de Loyola. No obstante, estos son de uso privado por la Compañía de Jesús.
Por último, la Casa Santa o Casa Natal de San Ignacio de Loyola se presenta como la auténtica reliquia que envuelve el conjunto. Se trata de una torre medieval de cuatro plantas. Las dos primeras alturas son de piedra de sillería. Por otro lado, las dos últimas están hechas en ladrillo y corresponden con las estancias de la familia. En la más alta de ellas se puede visitar la Capilla de la Conversión. Tal es el lugar donde el santo tuvo la visión de la Virgen que le llevó a cambiar su vida militar por la sacerdotal.
Para terminar con lo que ver en el Santuario de Loyola, toca acudir a su interesante Museo de Arte Sacro. Su colección permite contemplar diversos muebles y objetos litúrgicos. Entre ellos destaca un altar damasquinado, una de las principales obras de Plácido Zuloaga.
Asimismo, una vez hecho el recorrido por lo que ver en el Santuario de Loyola-Loiola, descubre más planes por la provincia de Guipúzcoa, así como su turismo activo.