En 1229 Lope Díaz de Haro, señor de Vizcaya, le otorgó el fuero de Vitoria. En 1284 el infante castellano Sancho “El Bravo” confirmó este estatus, consolidando así la pertenencia de esa localidad al Señorío de Vizcaya. Cuando el rey Enrique y su esposa transmitieron a su hijo, el infante don Juan, los señoríos de Vizcaya (1370) y Orduña (1373) ambos quedaron unidos como dominio regio.
El interés de los vizcaínos por Orduña estribaba en que se encuentra en el camino más corto entre la Meseta y los puertos de Bermeo y Portugalete. Su acceso se hacía a través de un camino de herradura (solo apto para caballerías, no para carros) que debía sortear la peña de Orduña y un puerto de montaña con desniveles de un 9% que baja desde 900 metros hasta los 298 metros del valle. Este camino era peligroso cuando el terreno estaba seco e impracticable el resto del tiempo. Era la principal comunicación con los puertos desde los que se comerciaba con Europa.
Desde tiempos de Juan II de Castilla fue una de las aduanas o puertos secos de Vizcaya. En 1467 recibió el título de ciudad por el rey Enrique IV, la primera y única villa vizcaína en ostentarlo. Fue entregada por Enrique IV a la familia Ayala, que la conservó hasta que los Reyes Católicos la recuperaron por la fuerza. Los orduñeses compraron el castillo para derruirlo y asegurarse de que no cayeran de nuevo en poder de señores feudales.
En 1535, un gran incendio arrasó la ciudad reduciendo a escombros y cenizas la mayor parte de su patrimonio. Aún así, Orduña supo resurgir y restablecer su posición anterior.
A mediados del siglo XVI las autoridades del Señorío de Vizcaya promovieron la apertura de un camino real (apto para carretas) por el puerto de Orduña. Las autoridades de Navarra y Guipúzcoa pleitearon para desbaratar un proyecto que hacía peligrar sus rutas comerciales. Mientras, los alaveses llegaron aún más lejos destruyendo por las noches los avances que hacían los trabajadores durante el día. Finalmente, consiguieron que en 1553 el emperador Carlos V suspendiera el proyecto. Recomendamos el trayecto por la carretera.
En marzo de 1686 las autoridades vizcaínas consiguieron la autorización para ensanchar el camino por el puerto de Orduña, facilitándose el tráfico de mercancías. En 1774 se intensificó todavía más su relevancia comercial hasta el punto de que, entre los reinados de Carlos III y Carlos IV, se construyó en ella una importante aduana comercial. Comenzó a estar operativa a partir de 1792.
La llegada del siglo XIX y sus guerras provocan el declive de la ciudad. El gobierno decidió trasladar en 1841 las aduanas interiores a la costa. El Gobierno de Madrid decretó en 1843 su incorporación a Álava, decisión que fue recurrida con éxito por los orduñeses arguyendo su identidad vizcaína basada en intereses mercantiles por su carretera a Bilbao.
Inauguró un célebre colegio de los jesuitas en 1870; estos se quejaban: “Orduña, ciudad bravía, diez tabernas y ninguna librería”.
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