Para conocer que ver en Zalduondo es importante leer su historia. El origen de Zalduondo puede estar en Aistra, un lugar actualmente despoblado situado a un kilómetro de distancia. Aquí se están excavando unos restos arqueológicos (entre ellos una necrópolis con 70 tumbas). en otras palabras, remontan su existencia al siglo VI.
Al tratarse de una población de comienzos de la Alta Edad Media, en los años del desmoronamiento del Imperio Romano y comienzo de la dominación goda, se trata de la población de fundación medieval más antigua del norte de la Península Ibérica.
La primera referencia escrita en la historia de Zalduhondo es de 1025 y aparece en la Reja de San Millán, en el Monasterio de San Millán de la Cogolla. Su nombre está vinculado a su localización. En vascuence, zaldu(a) significa bosque o selva. Ondo se interpreta como junto a, refiriéndose a que la aldea está situada al lado de los grandes bosques que rodean el vecino Túnel de San Adrián. Es famoso por la afluencia de peregrinos que utilizan este ramal en su camino a Santiago de Compostela a través de Guipúzcoa, desde Francia y el resto de Europa.
Los habitantes de Zalduondo eran responsables de la seguridad de esa vertiente del paso de montaña. También de mantener la jurisdicción de los pastos de su lado de la sierra frente a las pretensiones de sus vecinos guipuzcoanos.
En la Edad Media, Zalduondo perteneció a la asociación de caballeros alaveses llamada la Cofradía de Arriaga. Se trata de un colectivo que controlaba numerosas aldeas de la tierra llana (Llanada) de Álava. Se enfrentó durante más de un siglo a la villa de Vitoria y a su corregidor, nombrado por el rey.
En 1332 firmaron la llamada “Voluntaria Entrega” al rey Alfonso XI de Castilla. El fin era garantizarse algunos privilegios que iba perdiendo por la pujanza de las milicias de Vitoria. Por decisión del monarca, Zalduondo pasó a depender de la vecina Salvatierra.
Posteriormente cayó en manos señoriales, pasando en 1382 (junto con Salvatierra) a manos del canciller Pedro López de Ayala. En 1412 sus señores lo separaron del condado de Salvatierra y lo entregaron como dote de Constanza de Ayala, nieta del canciller, en su matrimonio con el conde de Oñati, que mantuvo un enclave señorial rodeado por territorios vascos habitados por hidalgos. Esa singularidad motivó que, durante siglos, los habitantes de Zalduondo pleitearán a menudo con sus señores feudales.