La historia local debe ser conocida antes de pasar a los lugares que ver en Sahagún. De este modo, el nombre deriva de la contracción de San Fagunt. El santo fue martirizado en época romana junto a su hermano San Primitivo. Ambos fueron decapitados hacia el año 304, siendo sus cabezas arrojadas al río Cea. La localidad se situaba en la calzada que comunicaba el campamento de la Legio VII, la futura León, e Italia. Tal vía conducía a Astorga, Zaragoza y Tarragona.
En el lugar se construyó una capilla, convertida en el Monasterio Domnos Sanctos en época visigoda. Dicho enclave sufrió ataques de los musulmanes en los años 714, 791 y 988. Más tarde sería reconstruido por los reyes Alfonso I y Alfonso III. Durante el 872, el abad cordobés Adefonso acudió con un grupo de monjes mozárabes y restauró la vida monástica. A lo largo de varias décadas fueron construyendo un monasterio, solemnemente consagrado en el año 935 por siete obispos y ocho abades. Tal ceremonia estuvo presidida por el rey Ramiro II de León. Las reliquias de ambos santos se convirtieron en un lugar de oración para los peregrinos a Santiago.
A raíz de la Batalla de Golpejera (1072), Alfonso VI de León fue internado por su hermano Sancho de Castilla en el Monasterio de Sahagún. Allí se rasuró la cabeza y se incorporó en calidad de monje. Poco permaneció allí, pues se escapó al Reino de taifa de Toledo. Tan buen recuerdo se llevó del lugar que, cuando volvió a ser rey, lo restauró, entregándoselo a los monjes franceses de Cluny. Dicha comunidad fue la que introdujo el rito católico en la historia de Sahagún. Finalmente el monarca le concedió a la villa un ventajoso fuero.
La abadía se convirtió en panteón para el rey Alfonso VI, Sancho IV y numerosas reinas, infantes y nobles castellanos. Gracias a ello recibió numerosos privilegios. Por ejemplo, pudieron acuñar su propia moneda de vellón y lograron donaciones que la transformaron en “la Cluny española”. Tal época de esplendor se extendió también al ámbito cultural, por la reunión de los monjes franceses con los mozárabes.
Llegado 1087, el abad y señor de Sahagún autorizó que los villanos amurallaran la villa. Pasados 23 años, Doña Urraca de Castilla se refugió en el Monasterio de San Benito durante el proceso de su anulación matrimonial. Sin embargo, los villanos de Sahagún estaban muy enfrentados a su señor y abad. El despechado marido de Doña Urraca, el rey Alfonso, les permitió asaltar y saquear el espacio monástico. A continuación sustituyeron al abad partidario por Ramiro el Monje, hermano Alfonso y futuro rey de Aragón.
Hacia mediados del siglo XII pasó por Sahagún el monje peregrino francés Aymeric Picaud. Se trataba del autor del Codex Calixtinus. Allí le hablarían de una batalla en la que el emperador Carlomagno derrotó al caudillo musulmán Aigolando, mencionada en su libro IV y hoy considerada legendaria.
Hacia 1245 acudió de visita a Sahagún el monarca Alfonso X. Llos frailes franciscanos le pidieron ayuda para levantar un convento en el lugar conocido como “Alto de San Bartolomé”. Dicho lugar vería construirse en los siguientes años el Santuario de La Peregrina. Siglos después, en 1419, nació Juan González del Castrillo. El monje acabaría siendo canonizado como San Juan de Sahagún y nombrado patrón Salamanca.