Dado que se trata de un pequeñísimo núcleo de población alrededor del monasterio, lo principal que hay que ver en San Juan de Ortega es el edificio monacal.
En un lugar de destacada historia y tradición, explicada en el apartado anterior, el espacio con más significado que ver en San Juan de Ortega es la capilla de San Nicolás de Bari. Está sobre la antigua ermita fundadora del lugar, que alberga las reliquias del santo italiano traídas por Juan. Allí se encuentra el sepulcro románico con reliquias de San Nicolás de Bari. Dicha pieza, aunque inacabada, constituye la obra funeraria más importante de la provincia de Burgos.
Se estima que la estructura de la iglesia del monasterio, de estilo románico, procede de finales del siglo XII. No obstante, se amplió en dos naves de estilo gótico durante el siglo XV. Lo más importante son los capiteles dobles historiados del «milagro de la luz», que recogen la Anunciación y el Nacimiento.
Otra pieza que hay que ver en San Juan de Ortega es el bello baldaquino de estilo gótico isabelino (1464) de San Juan de Ortega, en el que están esculpidas escenas de su vida y milagros. Los restos del santo se encuentran en el ábside izquierdo, donde hay un sepulcro sin especial calidad artística. La reliquia antes se encontraba en la cripta, pero fue trasladada allí recientemente a causa de una inundación de aquella. El retablo sobre San Jerónimo de este ábside cuenta con una imagen de Santo Domingo de la Calzada, maestro de San Juan de Ortega.
Otro asunto que hay que ver en San Juan de Ortega con detenimiento es el entorno natural e histórico. Destaca el desvío del Camino Francés, que a través de un bello bosque conduce a Villafranca Montes de Oca. También resulta fundamental visitar el yacimiento y el centro de interpretación de Atapuerca, en Ibeas de Juarros. Para los aficionados a la historia destaca la caminata hasta el Prado Redondo, al sur del municipio de Agés. En 1054 tuvo lugar en este enclave la Batalla de Atapuerca y la muerte del rey de Navarra, que marcó el declive de este reino en favor del de Castilla. Conviene preguntar a los lugareños acerca de los lugares exactos e ir provistos de calzado adecuado.