Algo habitual en Huelva, Niebla ya estaba habitada en el Neolítico. Así lo demuestra el asentamiento de Los Bermejales. En él se han encontrado trabajos de piedra y elaboraciones cerámicas. También sobresale el yacimiento del Dolmen de La Lobita.
Los fenicios llamaron Ilipula al lugar, mientras que los cartagineses la convirtieron en una ciudad fuerte y comercial. Los romanos liderados por el general Publio Cornelio Escipion Africano debieron de atacarla reiteradamente hasta conquistarla. Tras la toma, la consideraron importante pues edificaron un acueducto, calzadas, termas y una ceca para acuñar moneda.
Llamada Ilipla por los visigodos, gozó de gran relevancia militar y religiosa. A este respecto, fue sede episcopal desde el año 466. Especial relevancia tuvo su obispo Vincomalos, “el vencedor de los pecadores”, cuya lápida funeraria del 509 puede verse en el Museo Provincial de Huelva. Los titulares de la diócesis firmarían en los concilios de Toledo.
El dominio musulmán puede considerarse como el de los años dorados de Niebla. Los árabes la ocuparon hacia el año 712, designándola capital de una Cora o provincia, la de Lebla al-Hamra. Poco después la población cristiana se rebeló, pero el alzamiento no prosperó. En los años 843 y 859, Lebla sería saqueada por los vikingos procedentes de Normandía. Más tarde, allí nacieron Walabonso y María. Hijos de un matrimonio de las dos religiones, serían ajusticiados en Córdoba. Este hecho provocó que sean los patronos de Niebla.
Entre 1023 y 1053 la familia de los Beni Yahia proclamaron a Lebla al-Hamra reino de taifa independiente. Esto supuso el inicio de una etapa de esplendor cultural, industrial y agrícola. Sin embargo, en el 1051 el rey Al-Mutadid la conquistó e incorporó a la Taifa de Sevilla. Cuatro décadas más tarde llegaron los almorávides. Este pueblo guerrero se encargó de amurallarla, creando uno de los grandes hitos que ver en Niebla. Este periodo vio cierta tolerancia religiosa hacia la amplia comunidad cristiana. Durante esta época Niebla llegó a sumar 40.000 habitantes.
En 1145 los almohades toman Niebla. La consecuente rebelión permitió mantener su independencia como reino taifa durante cinco años. Entonces llegó un nuevo ejército almohade comandado por Abu Zarcaya-Ben-Yumar. El general no dudó: asaltó la ciudad, pasó a cuchillo a todos los varones y vendió a las mujeres y a los niños de la localidad como esclavos. Enterado el emir almohade de la masacre, trató de restablecer la situación reinstaurando en el poder local al linaje de los antiguos reyes Beni Yahia. Tras la batalla de Las Navas de Tolosa en 1212, el poder almohade decayó. Llegado 1234, el caudillo local Aben Mahfot se proclamó monarca de Lebla, acuñando monedas con su nombre.