En Pamplona, en los terrenos adyacentes a la actual calle de la Navarrería tuvo lugar la mayor masacre de la historia de Navarra. En 1274, cuando Enrique III de Navarra (y también conde de Champaña y de Brie, lo que lo convertía en vasallo del rey de Francia en esos dominios) fallece, deja una hija de tres años de edad, custodiada por una viuda también francesa. En Pamplona el núcleo original de la Navarrería -situado alrededor de la catedral de Santa María y poblado por nobles y campesinos indígenas- había sido rodeado por nuevas poblaciones formadas por comerciantes franceses, atraídos por la dinastía francesa en el poder y por el tráfico de peregrinos del Camino de Santiago. A la pujanza de los burgos de San Cernín y San Nicolás no solo contribuyó una población muy dinámica, también la aplicación a estos pobladores del ventajoso fuero de Jaca, que les eximía de los impuestos que los vecinos de la Navarrería debían pagar al obispo.
Las diferencias de usos y costumbres entre francos y navarros, y las desventajas fiscales de los autóctonos frente a los inmigrantes fueron aumentando la tensión en un contexto de injerencias por parte de Aragón y Castilla. La simpatía de los habitantes navarros hacia castellanos y aragoneses estaba motivada por la promesa de los reyes Jaime I de Aragón y Alfonso X de respetar íntegramente los usos y costumbres que los mandatarios franceses de la dinastía Campaña que estaban vulnerando. Este ambiente sería el principio de la Guerra de la Navarrería.
Ante la posibilidad de que su hija pudiera ser suplantada en el trono por alguno de los poderosos reyes vecinos, la reina – viuda Blanca de Artois le pidió ayuda a su primo el rey Felipe III. Éste le ofreció casar a su segundo hijo con la reina – niña Juana en cuanto alcanzasen la edad mínima; entre tanto el rey francés ejercería de protector del reino y la niña se educaría en su Corte. Sin consultar con los estamentos del reino, Blanca aceptó el trato y envió a su hija a París. Los representantes del reino no tuvieron más remedio que resignarse, pero los pobladores de la Navarrería respondieron fortificando su perímetro y el del vecino burgo de San Miguel (que se les había adherido).
En enero de 1276 llegó con sus tropas el gobernador nombrado por el rey francés; se trataba del caballero Beaumarchais, famoso por haber acabado con el bandolerismo en su país. El gobernador trató de negociar el desmantelamiento de las fortificaciones, pero los habitantes de la Navarrería se negaron, aduciendo que estaban sometidos al fuero eclesiástico y que el gobernador no tenía jurisdicción allí.
El enfrentamiento entre los partidarios y detractores de la reina-niña fue creciendo dando comienzo a la Guerra de la Navarrería. Se sucedieron las conspiraciones y enfrentamientos violentos, hasta que el gobernador solicitó el envío de socorros. Para ganar tiempo mientras reunía un ejército, el rey francés envió a varios líderes militares y religiosos franceses para tratar de pactar una tregua; consiguieron hacer dudar al anterior gobernador -Pedro Sánchez de Monteagudo- que negoció el cambiar de bando. Pero al saberse esto, éste y sus afines fueron asesinados por los partidarios de García Almoravid (el otro líder militar de la Navarrería). El obispo de Pamplona aprovechó la tregua para huir a Castilla con el fin de solicitar un envío de un ejército. Pero un gran ejército francés llegó antes que el ejército castellano enviado por Alfonso X, obligándole a retirarse. Al acercarse a la ciudad los franceses, los canónigos de la catedral salieron en procesión con la imagen de la Virgen María, tratando de cerrarles el paso; pero solo consiguiendo ser vejados.
Ante la fuerte imposibilidad de entrar por las puertas, los franceses fueron asaltando los edificios anexos a la Navarrería, empleando máquinas de asedio que los sitiados destruían durante las salidas que realizaban por las noches. A finales de septiembre de 1276 se hacía evidente que los navarros no podrían resistir mucho más, por lo que algunos de los nobles que lideraban la resistencia se confabularon para huir de la Guerra de la Navarrería. Enterados de ello los vecinos, bloquearon las puertas con el fin de impedirlo, pero el jefe García Almoravid y sus hombres de confianza se las arreglaron para esquivar esas precauciones y consiguieron cruzar el río Arga por el puente de la Magdalena. Carentes de líderes que los dirigieran, el pueblo envió un mensajero al gobernador para rendirse; permitiendo que los sitiadores entraran sin oposición.
Los soldados franceses procedieron a saquear la ciudad, violando a las mujeres e incendiando algunos edificios; aquellos que se refugiaron en la catedral fueron también asesinados. Por destruir, incluso arrancaron el recubrimiento metálico del sepulcro del fallecido rey Enrique de Champaña (el padre de la reina-niña Juana) pues confundieron su cobre dorado con oro. A los vecinos que tomaron prisioneros los llevaron al cercano castillo de Tiebas, donde los ahorcaron y empalaron. El único edificio de la Navarrería que no fue incendiado fue la catedral de Santa María, destruyéndose también el anejo burgo de San Miguel y la judería.
En las siguientes semanas, el ejército francés sometió toda Navarra y se incautaron de los bienes de los magnates que no se habían mostrado incuestionablemente colaboradores. El caballero García Almoravid –uno de los principales líderes navarros- llegaría a ser capturado, muriendo en una prisión francesa. Todos los cargos importantes pasaron a ser ocupados por franceses, en los últimos días de la Guerra de la Navarrería.
Solo pasados sesenta años de la Guerra de la Navarrería se autorizó la reedificación en los terrenos arrasados. A la nueva población se le otorgó el mismo fuero de Jaca que ya tenían los burgos ocupados por franceses, unificándose jurídicamente el estatus de la reunificada ciudad de Pamplona.
